当使用拉卡拉POS机进行刷卡交易时，手续费的计算是基于交易金额和POS机费率来确定的。在这个问题中，交易金额是1000元，POS机费率是0.6%。

手续费的计算公式是：手续费 = 交易金额 × 费率。

将给定的数值代入公式中，我们得到：手续费 = 1000元 × 0.6%。

这里的0.6%需要转换为小数形式进行计算，即0.006。所以，手续费 = 1000 × 0.006。

通过计算，我们得到手续费为6元。这意味着当刷卡交易金额为1000元时，需要支付6元作为手续费给拉卡拉POS机服务商。

需要注意的是，不同的POS机服务商可能会有不同的费率标准，因此手续费的计算方式可能会有所不同。此外，有些POS机服务商可能会根据交易类型、商户类型等因素对手续费进行差异化定价。

在实际使用中，建议商户在办理POS机之前与服务商确认费率标准，并了解清楚手续费的计算方式和可能的差异。这有助于商户更好地掌握交易成本和利润情况，做出更明智的决策。

综上所述，当使用拉卡拉POS机刷卡1000元时，手续费为6元，这是基于0.6%的费率计算得出的。商户在使用POS机时应当注意费率标准和手续费的计算方式，以便合理控制交易成本。