拉卡拉POS机是一款广泛应用于各类商户的支付工具，它以其高效、便捷的特点，深受广大商户的喜爱。在办理拉卡拉POS机后，商户们经常会遇到关于手续费的问题，特别是当刷卡金额达到一定数额时，手续费的计算方式更是备受关注。

对于拉卡拉POS机刷卡1000元扣了6元手续费的情况，我们可以从以下几个方面进行解析：

首先，我们需要了解拉卡拉POS机费率标准。一般来说，拉卡拉POS机刷卡费率是固定的，通常为交易金额的0.6%。这个费率是商户与拉卡拉公司之间协商确定的，用于覆盖POS机使用过程中的各项成本。

其次，当商户使用拉卡拉POS机进行刷卡交易时，系统会根据交易金额和费率自动计算手续费。以刷卡1000元为例，手续费为交易金额乘以费率，即1000元*0.6%=6元。因此，当商户刷卡1000元时，被扣除的6元手续费是符合拉卡拉POS机费率标准的。

此外，值得注意的是，拉卡拉POS机手续费是商户在使用拉卡拉POS机进行交易时必须承担的成本之一。虽然手续费可能会增加商户的经营成本，但使用POS机带来的便捷性和安全性也是无法忽视的。同时，商户也可以通过优化交易方式、提高交易效率等方式来降低手续费支出。

总之，拉卡拉POS机办理后刷卡1000元扣了6元手续费是符合费率标准的。商户在使用POS机时，应了解并遵守相关费率规定，以确保交易的顺利进行。同时，商户也可以积极寻求降低手续费支出的方法，以提高经营效益。