拉卡拉POS机刷信用卡的手续费是根据银联规定的标准费率来执行的。在通常情况下，信用卡刷卡的费率是0.6%，这意味着每刷100元需要支付0.6元的手续费。因此，当使用拉卡拉POS机刷信用卡1000元时，按照标准费率计算，手续费应为6元。

拉卡拉POS机这样的费率设定是合理的，它符合银联的规定，也体现了POS机服务商和银行之间的合作成本。同时，这个费率也保证了商户在使用POS机进行信用卡交易时的公平性和透明度。

值得注意的是，手续费的收取并非随意决定，而是基于一系列复杂的因素和计算规则。这些因素包括商户的行业类型、交易金额、交易频率等。银联和POS机服务商会根据这些因素来制定和调整费率，以保证市场的公平竞争和商户的合理利益。

此外，拉卡拉POS机还支持多种支付方式，包括支付宝、微信等，这些支付方式的手续费一般也较低，为商户提供了更多的选择和便利。因此，商户在选择使用拉卡拉POS机时，可以根据自身的经营情况和需求，选择合适的支付方式和费率方案。

综上所述，拉卡拉POS机刷信用卡1000元扣6元手续费是合理的。这既符合银联规定的标准费率，也体现了POS机服务商和银行之间的合作成本。同时，商户也应根据自身情况选择合适的支付方式和费率方案，以最大化自身的利益。