支付公司的POS机费率之所以不同，主要是由于以下几个方面的因素影响：

POS机交易规模：不同支付公司处理的交易规模不同，交易量越大，支付公司可以通过规模效应降低成本，因此可能提供更低的费率。

POS机风险控制：支付公司需要承担一定的风险，包括交易风险和技术安全风险。如果支付公司认为某个商户或行业的交易风险较高，他们可能会对这些商户或行业收取较高的费率，以补偿潜在的风险。

POS机行业竞争：支付行业竞争激烈，各家支付公司希望通过降低费率来吸引更多的商户。不同支付公司的市场份额和策略不同，因此他们会根据自身情况制定不同的费率。

提供的增值服务：除了基本的支付功能外，支付公司还可以提供一些增值服务，例如数据分析、营销推广等。这些增值服务可能会增加支付公司的成本，从而导致费率的差异。

POS机商户类型：不同类型的商户对支付公司的要求和需求也不同。例如，小型零售商户可能更注重费率的低廉性，而大型企业可能更关心支付公司提供的定制化服务和技术支持。支付公司会根据商户类型的不同，来调整费率。

POS机合作伙伴关系：支付公司与银行、第三方机构等合作伙伴之间的关系也会影响费率的制定。合作伙伴可能会对支付公司提供一些优惠政策或者降低成本，从而影响支付公司的费率水平。

总的来说，支付公司POS机费率的差异是由于交易规模、风险控制、行业竞争、增值服务、商户类型以及合作伙伴关系等多个因素共同作用的结果。商户在选择支付公司时应综合考虑这些因素，并根据自身需求选择适合的支付合作伙伴。