网上支付跨行清算系统是央行支付系统的重要应用系统，主要支持网上跨行零售支付业务的处理，业务指令逐笔发送、批量轧差、定时清算。

网上支付跨行清算系统主要处理网银贷记业务、网银借记业务、第三方贷记业务、跨行信息查询业务。网上支付跨行清算系统投入使用后，实现了网银跨行支付的直通式处理，满足网银用户全天候的支付需求，有效支持电子商务的发展。该系统向客户提供7×24小时全天候服务。
 

网上支付跨行清算系统具有以下业务功能：处理网银贷记业务，网银借记业务，第三方贷记业务，跨行账户信息查询业务。

其业务运行模式与小额支付系统相似：运行时序为7×24小时连续运行，采取定场次清算的模式，设置贷记业务金额上限，与大额支付系统共享同一个清算账户等等。

从业务管理方面来讲，网上支付跨行清算系统是小额支付系统在网上支付方面的延伸，从系统管理方面来讲，网上支付跨行清算系统是与大、小额支付系统并行的人民币跨行清算系统。

网上支付跨行清算系统为经央行批准获得支付业务许可证的非金融支付服务组织提供接入渠道，支持非金融支付服务组织通过灵活多样的方式为社会提供支付服务，能够更好地满足公众居家支付需求，也有利于电子商务的发展。

据了解，目前，包括支付宝这样的非金融支付机构的运行模式为，依托在多家合作银行分别开立结算账户，代不同银行的客户完成跨行支付，经营成本较高，客户范围也受到限制。而当该类支付服务组织也被纳入系统之后，客户只需在任一家银行开立账户并开通网银支付功能，即可通过非金融支付服务组织发起支付业务。 　　

据悉，央行曾于今年6月发布《非金融机构支付服务管理办法》，指出支付机构依法接受央行的监督管理。市场分析人士认为，这等于认可了非金融支付机构的行业地位。 　　

央行表示，由于第三方机构的客户可以是各商行的网银用户，如仍通过现有方式向付款人收费，则第三方机构应在所有银行开设账户，操作成本很高；如由第三方机构直接向付款人收取，处理手续复杂，客户体验也比较差。为支持第三方机构的业务发展，网上支付跨行清算系统应支持第三方机构向付款人收取手续费的功能，并可根据管理需要向指定的参与者开启。

目前，网上银行已成为各家商业银行提供金融服务的重要平台，客户可以方便地进行转账汇款、网络购物、网上缴费、投资理财等多种支付活动。但是，现有的网上跨行支付属于银行间（或银行与非银行清算组织间）的协议行为，当收付款人不在同一家银行开户时，支付指令的跨行清算通过多个系统间传输或转换，有些处理环节还需商业银行业务人员手工干预，业务处理时间较长，客户也不能及时了解支付业务的处理结果。

为提高网上支付的跨行清算效率，提升商业银行网银服务水平，更好地履行中央银行的支付清算职责，人民银行决定建设网上支付跨行清算系统。 网上支付跨行清算系统是人民银行继大、小额支付系统后建设的又一人民币跨行支付系统。系统将主要处理客户通过在线方式提交的零售业务，包括支付业务和跨行账户信息查询业务等。